Actualmente la Fundación pro Desarrollo de Nariño ofrece cuatro programas institucionales, los cuales están ligados a lograr una visión integral del desarrollo local y regional.

1. Desarrollo comunitario y asuntos cívicos FUNDES invita a la gente de Nariño a construir una cultura organizacional como fundamento básico para lograr la cohesión del tejido social y la creación de una conciencia colectiva.
2. Familia y equidad de género FUNDEPAZ piensa que en nuestros países latinoamericanos el enfoque de género constituye una herramienta de análisis y gestión con el fin de lograr objetivos enfocados en derechos. Además, la institución tiene la firme convicción de que la familia es la primera escuela donde se aprenden valores y principios.
3. Derechos humanos y población FUNDEPAZ cree que una verdadera sociedad de ciudadanos pensantes, autónomos y participantes solo se logra a partir del reconocimiento de los derechos humanos. De esta manera la institución está comprometida a defender y promocionar los derechos humanos y el derecho internacional humanitario en una región en tiempos de guerra.
4. Hábitat y medio ambiente FUNDEPAZ apoya organizaciones comunitarias e iniciativas locales con aproximaciones proactivas para la conservación sostenible de los recursos ambientales. La Fundación también intenta fortalecer el movimiento medio ambiental y da prioridad a iniciativas enfocadas en proteger y conectar ecosistemas diversos y saludables, resaltamiento del hábitat silvestre local.